Lấy bối cảnh tại Green Hills, nội dung phim tiếp tục xoay quanh nhân vật Sonic, lần này anh ta đã sẵn sàng để được tự do hơn. Sau đó, Tom và Maddie đồng ý để anh ở nhà trong khi học đi nghỉ. Nhưng không bao lâu nữa họ đã biến mất và tiến sĩ Robotnik trở lại. Lần này, cùng với một đối tác mới Knuckles, họ tìm kiếm một viên ngọc lục bảo có sức mạnh để xây dụng và phá hủy các nền văn minh. Sonic hợp tác với người bạn phụ của mình, Tails, và cùng nhau bắt đầu cuộc hành trình tìm kiếm viên ngọc lục bảo trước khi nó rơi vào tay kẻ xấu.